Deze studie heeft ze met een afstudeeronderzoek bij ZonMW, over arbocuratieve samenwerking, in 2002 afgesloten. Vervolgens heeft ze 2,5 jaar bij STOEL, een adviesbureau in Zorg en Welzijn, als adviseur gewerkt. Daarna heeft ze 3 jaar als adviseur bij KLM Health Services gewerkt waarna de overstap naar EMcare, een arbeidspolikliniek volgde.
Sinds 2011 werkt Marlies als docent-onderzoeker bij Kenniscentrum Zorginnovatie en de opleiding fysiotherapie. Binnen haar aanstelling houdt ze zich bezig met minoronderwijs en afstudeerbegeleiding.
Marlies Wagener verdedigde op 5 juli 2017 haar proefschrift Living with HIV. Benieuwd hoe Marlies haar promotietraject heeft ervaren? Lees hier haar interview.